iTRAQ试剂为可与氨基酸N端及赖氨酸侧链连接的胺标记同重元素(isobaric)。在质谱图中，任何一种iTRAQ试剂标记的不同样本中的同一蛋白质表现为相同的质荷比。
在串联质谱中，信号离子表现为不同质荷比(114～117)的峰，因此，根据波峰的高度及面积，可以得到蛋白质的定量信息。
技术特点:
1．可同时标记2~8 个样本。
2. iTRAQ技术不仅可发现胞浆蛋白，还有膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白。iTRAQ技术可检测出低丰度蛋白、强碱性蛋白、小于10KD或大于200KD的蛋白。
3.可标记修饰后的氨基酸，因此对磷酸化蛋白等翻译后修饰蛋白进行定性定量研究。
4.报告离子的相对分子质量较低(113~121)，低分子量区是质谱定性(质量确定)和定量(丰度比较)较为准确的区域，因此质谱检测更为灵敏可靠。
iTRAQ试剂包括三部分：
1. 报告基团（reporter group）：相对分子量为113-121Da（无120），因此iTRAQ试剂可同时标记8组样品。
2. 平衡基团（balance group）：相对分子量为192-184Da (无185)，使得八种iTRAQ试剂分子量均为305 Da，保证标记的同一肽段m/z相同。
3. 肽反应基团：能与肽段N端及赖氨酸侧链氨基发生共价连接，从而标记上肽段 拿到蛋白样品之后，不同组的样品首先分别进行等量酶切，每一个酶切得到的肽段样品选择一种标记试剂进行标记反应（每一个肽段至少含有一个游离的氨基进行反应）；然后将经过不同标记的肽段样品混合后进行后续的质谱分析。
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